Perang Uganda-Tanzania tercetus antara kedua-dua negara Uganda dan Tanzania berikutan rejim Idi Amin yang merampas harta para pedagang dan menghalau golongan imigran Asia dari Uganda selepas menggulingkan pemerintahan Milton Obote; malah, sebanyak berpuluh-puluh ribuan orang yang dianggap sebagai bersubahat menjatuhkan rejim Idi ditangkap, diseksa dan dibunuh. Julius Nyerere memberikan suaka kepada Obote serta ribuan pembangkang rejim Amin yang semakin meningkat bilangannya di Tanzania.[1]:6 Setelah beberapa lama di mana askar-askar gerilya mendapat latihan mereka, merek menyerang Uganda dari Tanzania pada September 1972 namun ditangkis kuat tentera rejim Idi sehingga menyebabkan korban yang banyak.[2]

Pada bulan Oktober tahun sama, kedua-dua pihak Tanzania dan Uganda menandatangani Perjanjian Mogadishu yang menghalang para pemberontak memasuki kawasan milik Tanzania atas tujuan peperangan menentang Uganda.[3] Museveni bertindak balas dengan membentuk kelompok militan Front for National Salvation pada tahun 1973.[2]

Yoweri mengangkat sumpah sebagai Presiden Uganda pada 26 Januari 1986.[4]